L'EOST est un établissement atypique de l'enseignement supérieur français, avec cette double spécificité : école d'ingénieurs et observatoire des sciences de l'univers.
Outre sa filière ingénieurs avec l'école de géophysique, l'EOST propose des formations plus académiques avec une licence en Sciences de la Terre et de l'Environnement, deux spécialités de master - l'une en Sciences de la Terre couplant les disciplines Géologie et Géophysique, l'autre en Ingénierie pour les Géosciences de l'Environnement -, et une formation doctorale en Sciences de la Terre, de l'Univers et de l'Environnement.
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